Les guerres de religion entraînent en 1569 la démolition d’une partie des remparts du village puis, en 1596, Henri IV fait noyer les salins à la demande de la concurrence audoise ; le port, qui avait connu une relative activité malgré les guerres de religion, cesse de fonctionner avec l’ensablement des graus reliant l’étang à la mer.
En 1629, les passages de troupes sont nombreux et apportent la peste dans leur sillage puis, au XVlllè siècle, Mireval est ravagé par le paludisme lié à l’insalubrité des zones palustres qui le bordent, aggravée par la construction du « canal des étangs ». (l’actuel canal du Rhône à Sète) et le village manque de disparaître.